במסגרת החינוך הרגיל פועלות 6 כיתות גן, לילדים מגיל שנה ועד גיל שש.
צוות הגנים עובד באחריות ומקצועיות רבה, מתוך כבוד והקשבה לכל ילד וילדה. עבודת הצוות נעשית תוך תכנון וחשיבה משותפים, כאשר בכל כיתת גן מתקיימים דגשים רלוונטיים לקבוצת הגיל. הצוות מקבל ליווי מקצועי ממנהלת גני הילדים ובנוסף מלווה על-ידי מדריך פדגוגי ופסיכולוגית התפתחותית. הצוות לוקח חלק בהשתלמויות ומפגשי העשרה לאורך השנה בתחומים שונים רלוונטיים.
ילדי הגנים מקבלים שלוש ארוחות מגוונות במהלך היום, ארוחת בוקר עשירה הכוללת פלטת ירקות טריים, גבינה לבנה חומוס וקוטג' ותוספת משתנה בכל יום (טונה, פיצה, חביתה ופנקייק), אשר מכינה אביגיל, הטבחית שלנו.
לארוחת הצהריים מקבלים הילדים ארוחה בשרית חמה מהקייטרינג של 'אבי ועופר' ובסוף היום ניתנת ארוחת מנחה הכוללת פרוסה עם ממרח ופרי.
גן כלנית - גילאי שנה ועד שנה וארבעה חודשים
בגן מתקיימים שני חוגים לסירוגין, אחת לשבוע, חוג ריתמיקה וחוג תיאטרון בובות. חוג ריתמיקה עוסק בתנועה ומוסיקה וכולל היכרות ראשונית והפעלה של איברי הגוף השונים בשילוב כלי נגינה ואביזרים שונים.
הילדים נהנים מפעילות תנועה במרחב שהולכת ומתפתחת יחד עמם.
בנוסף לארוחות שמקבלים בכל הגנים, הילדים בגן זה מקבלים תוספת של פירות מרוסקים ומרק ירקות טרי ומרוסק.
ההתפתחות בגילאים אלו נראית לעין בקצב מהיר. הילדים כבר אינם תינוקות. הם הופכים עצמאיים יותר מיום ליום.
בהתאם להתפתחותם בתחומים השונים לאורך השנה, משתנים גם הגירויים המוגשים להם מבחינת משחק, סיפור ויצירה.
גן סביון - גילאי שנה וחמישה חודשים ועד שנה ו-אחד עשר חודש
בגילאים אלו מתחיל המשחק החברתי עם האחר וצוות הגן מעודד יצירת קשרים חברתיים, התחשבות בזולת, שיתוף פעולה ובד בבד מעניק לילדים גבולות ברורים הנחוצים מאוד בשלב התפתחותי זה.
המשחק עומד במרכז תכנית הלמידה בגילאים אלו ובאמצעותו מעשיר צוות הגן את עולם של הילדים.
גן ברוש - גילאי שנתיים ועד שנתיים ושמונה חודשים
בגיל זה הילדים רצים, משחקים ומדברים כמעט באופן שוטף. הם מתחילים להבין מושגים מופשטים יותר והדמיון הולך ומתפתח.
התכנים בגן מקבלים משמעות נוספת, המשחק הדמיוני הופך משמעותי יותר ומתקיים שיח ער ורציף בנושא רגשות וקבלת האחר.
בגיל זה מתחיל שילוב של ילדים מגני החינוך המיוחד בפעילויות השוטפות בגן.
גנים גפן, נרקיס וארז - גילאים שונים
בגנים לומדים עד 30 ילדים בטווחי גיל משתנים.
גן גפן טרום, טרום חובה.
גן נרקיס טרום חובה.
גן ארז גן חובה. חלוקת הגנים מתבצעת בכל שנה, בהתאם לרישום הילדים.
את הגנים מובילות גננות מוסמכות ומנוסות (המועסקות ע"י משרד החינוך), איתן עובדות בכל גן, סייעות (המועסקות ע"י עיריית ירושלים) ובת שרות לאומי.
גני הילדים פועלים עד השעה ארבע. את הצהרונים בגנים אלה מובילות גננות מוסמכות וסייעות קבועות אשר מפעילות את הגן ביחד עם בנות השירות הלאומי בשעות הצהריים ובמהלך החופשות של משרד החינוך, בהן המרכז ממשיך להפעיל את הגנים.
גנים אלו פועלים בפיקוח משרד החינוך ומחוייבים לתכנית הליבה של המשרד. תכנית הליבה משלבת בתוכה את כל תחומי ההתפתחות של הילד תוך שימת לב להבדלים האינדיבידואלים בין הילדים ותוך התייחסות לצרכים האישיים של כל ילד וילדה, הנובעים מתחומי החוזק והחולשה שלהם.
בגנים מתקיימים חוגי העשרה שונים, כך שהילדים נחשפים למגוון תחומי עניין. כמו כן, בגנים מתקיימים חוגים שונים, כגון: יוגה, ריתמיקה, תאטרון בובות וטבע.
בגנים אלו מתקיים שילוב פורה של ילדים מגני החינוך המיוחד וכל הילדים נהנים מהשילוב המוצלח: שילוב בפעילויות של ספורט טיפולי, קבוצות למידה ועוד. הילדים המשלבים והמשתלבים לומדים סובלנות, סבלנות וקבלת השונה